При создании музея в 1989 году ему было выделено 1\3 часть помещения, предназначенного под магазин, на первом этаже пятиэтажного жилого здания, а 2\3 площади отдали под библиотеку, мотивируя тем, что у музея пока нет ни одного экспоната, мебели и оборудования. За прошедшие 26 лет музейные площади давно уже переполнены витринами и диорамами, экспонатами и оборудованием. А вопрос о расширении площади по-прежнему остается открытым...
Продолжается поступление новых экспонатов в музейные фонды, в связи с чем выросла потребность в создании новых музейных экспозиций.
Фондохранилище расположено в подвальном помещении, где не возможно соблюдение температурно-влажностного режима, оно переполнено музейными экспонатами, помещёнными на стеллажи и в шкафы, между которыми оставлены лишь узкие проходы. Нет условий для хранения картин, из-за недостатка площадей часть картин находится в открытом хранении в кабинетах сотрудников, директора музея, отдельные объёмные картины размещены в коридоре. Всего в музейных фондах находятся более 150 произведений искусства (живопись, графика, скульптура).
Музей располагает обширной и совершенно уникальной коллекцией художественных работ мастеров и художников Горной Шории и Кузбасса, в том числе трагически погибшего шорского художника-резчика и живописца Якова Пепелова. Произведения его получили международное признание, последнее приглашение экспонировать его работы было из Швейцарии. Также в музее имеются работы национальных мастеров живописи Любови Арбачаковой, Вадима Бекренева и других известных художников Кузбасса. И сегодня все эти уникальные художественные произведения, к сожалению, хранятся в запасниках, не соответствующих нормам хранения.
Фонды Таштагольского музея по состоянию на начало 2017 года насчитывают 13114 единиц хранения, из которых экспонировалось в 2016 году 1392. Основной фонд составляет 9505 ед.хр., научно-вспомогательный фонд – 3609 ед. хр., Из общего количества предметов большую часть составляют предметы прикладного искусства, быта и этнографии – 3936, затем – предметы нумизматики – 3351 ед.хр., на третьем месте - предметы археологии – 1496 ед.хр.
В музейных коллекциях, в основном, памятники материальной и духовной культуры шорцев, есть произведения декоративно-прикладного искусства, нумизматические, минералогические коллекции, чучела животных, предметы быта и культуры русских староверов. Гордостью всего музейного собрания являются два уникальных экспоната, отражающих миссионерскую деятельность в Кузнецком крае. Это - «Азбука для обучения шорских инородческих детей Алтайского края», изданная в г. Томске в 1906 г. в типографии епархиального братства и включающая шорский алфавит и тексты молитв на шорском языке.
- печать Мрасского отделения Алтайской Духовной Миссии, изготовленная в 80-е годы XIX в., (переданная музею по инициативе ученого – этнографа КемГУ В.М.Кимеева).
К особо ценным коллекциям можно отнести редкие книги (в количестве 45 наименований), здесь и старинные рукописные церковные книги, псалтыри, такие как: «Правило для готовящихся ко святому причастию на алтайском наречии (1891г.)., «Жития Святых на алтайском языке» (1884г.), сборник «Кириллова книга» (рукописная), книга псалмов на немецком языке, «Творения св.отцов» 1904г. Т.65 «Творения св.отцов 1904г.» Т.67, «Псалтырь-вдохновенная песнь», «Псалтырь с отпевальником за одноумершего». (Рукопись конца XIXв.), К.Д.Носилов "У вогулов" очерки и наброски (изд-е А.С.Суворина, 1904г) П.Милюков, "Из истории русской интеллигенции" (Сборник статей и этюдов, С-Петербург, тип.Монтвида, 1903 г.) и др.
В фондах музея насчитывается более 40 старинных икон, конца XIX начала XX вв., из них: «Тайная вечеря», «Спас Вседержитель», «Николай Чудотворец», «Владимирская Божья матерь», «Великомученик Пантелеймон» , «Тихвинская Божья матерь», «Семен Верхотурский», «Иоанн Предтече», «Божья матерь Смоленская», «Гурий, Сомон и Авив», складень трехстворчатый с Евангельским сюжетом, части трехстворчатых складней и др.
Музей обладает представительной археологической коллекцией - экспонаты охватывают период от позднего палеолита до средних веков - каменные наконечники стрел, нуклеусы, скребки, керамика, бронзовые орудия и украшения. Полностью представлены предметы уникального археологического памятника Усть-Пызас2 «Погребение Кабырзинской принцессы» (2500-2600 лет до н.э.).
Археолого-этнографической экспедицией МЭПГШ в 2016 году в верховьях реки Мрассу были обнаружены многочисленные предметы археологии, которые пополнили фонды музея МЭПГШ. Были найдены - фрагменты керамической посуды, изделия из камня и бронзы, кости (орнаментированная «ложечка» ритуального назначения раннего средневековья, наконечники стрел и гарпуна), а также большой остеологический материал. Датировка наиболее ранних материалов относится к эпохе поздней бронзы - 9 – 8 вв. до н.э. Наиболее поздние относятся к периоду раннего средневековья – 7 – 8 вв. н. э.
Музей осуществляет как событийное, так и текущее комплектование коллекций. Основным направлением событийного комплектования является сбор предметов, отражающих значимые события в истории Горной Шории и Таштагольского района в целом, как то: история Таштагольского рудника в документах и фото, Шерегешского, Казского, Темир-Таусского рудников, история города в документах и фото.
Основными направлениями текущего комплектования коллекций являются: шорская этнография, современные этно-политические процессы, этнография русского населения, история Горной Шории с древнейших времен до сегодняшнего дня, деревенский быт XIX-ХХ веков шорцев и сибирских староверов, Горная Шория в годы Великой Отечественной войны 1941-1945 гг., материалы о выдающихся земляках, участниках ВОВ и воинах-интернационалистах..
Фонды насчитывают 116 медалей, орденов и знаков отличия ветеранов и участников ВОВ, порядка 1500 документов и фотографий ветеранов ВОВ и участников боевых действий. Красноармейские книжки, справки о призыве на действительную военную службу, справки о ранении и лечении в госпиталях, удостоверения об обучении на фронте и другие разные документы и реликвии военной поры составляют документальную часть архива. Имеется, примерно 30 фронтовых писем, много почетных грамот и благодарственных писем, адресованных фронтовикам.
Музей обладает уникальной коллекцией предметов быта известной сибирской отшельницы из семьи старообрядцев-беспоповцев Агафьи Карповны Лыковой, проживающей в лесном массиве Абаканского хребта Западных Саян (Хакасия). В коллекцию входят: кадка долблённая, сапоги кожаные, ножовка по металлу, веретено, пила двуручная, рогач, ловушка для мелких зверей, туеса и рубаха (изготовленные вручную самой Агафьей и подаренные главе администрации Таштагольского района В.Н.Макута).
Материальная шорская культура представлена деревянной, берестяной, и металлической утварью, кожаной обувью, одеждой, охотничьим снаряжением, орудиями труда. Из предметов быта имеются:
- различные котлы (кооргуш, алғый) - кованные, чугунные, медные, изготовленные в конце XIX начале XX века; треноги под котёл, жаровни (коргуш); кухонные ножи (пычақ) начала XX века, ступы (саақ) деревянные, песты (саақ палазы) каменные и деревянные, жернова (тербен) каменные; ткацкий станок (кендир тыбеге) ;
- деревянная посуда, изготовленная из капа: чашки (айақ), ложки (қажық), разделочные доски (чартычақ), ковши (омаш), черпаки (сусқа), туесами из бересты (тӱӱс, тӧзек (маленький), қуспақ (большой);
одежда и украшения: различные рубахи (кӱнек), халаты (шабыр) из кендырного (конопляного) холста ручного изготовления конца XIX века; украшения
обувь – кожаные сапоги (ӧдӱк), калоши (шарық);
Орудия охоты и рыболовства включают в себя: лыжи (шана), волосяные петли (қыл), охотничьи сети (аңның), рыболовные сети (сӧзӱрбе), ловушки для рыб (чоқтығ), пороховницы (тар урчын мӱӱс), охотничьи пояса-натруски, ножны (қын), ножны для топора (малты қапы), самострелы (оқча), ловушки для зверьков (паспаш);
Из орудий земледелия имеются мотыги (абыл), корнекопалки (озуп);
Предметы религиозного культа состоят из шаманских бубнов, веников (сӱйбаш), культовых предметов (ӧрекеннер, тӧр кижилер), ритуальной посуды (орнаментированные туеса) , лапы медвежьей - амулета (апшақ тамажы);
Предметы музыкальной культуры шорцев и русских – это комусы (тебир қомус), варганы, балалайки, гармони..